Tím podplukovníka Shepparda sa vracia v jumperi späť na Atlantídu. V plavidle dochádza náhle k nárastu energie a následnému energetickému výboju. Rodney sa snaží zistiť čo sa stalo, systémy sa však v zapätí vracajú späť do normálu. John pristáva v meste bez ďalších väčších problémov.

S odstupom času však začne podobným poruchám dochádzať aj v samotnej Atlantíde. Energetické výboje ničia zariadenia mesta a ohrozujú jeho obyvateľov. Mesto upadá do tmy. Jediný počítač, ktorý je v prevádzke je Rodneyho notebook. Cez neho sa snaží s ľuďmi komunikovať akási entita. Tá o sebe tvrdí, že je Elizabeth Weirová. Hovorí, že je ťažké udržať súčasný stav, aj napriek tomu sa pokúša obnoviť vyradené systémy mesta. Následne im vyrozpráva svoj príbeh... Potom čo ju zajali Replikátori na svojej domovskej planéte, aplikovali do jej tela nanity. Neskôr sa zoznámila s Asuranmi z Niamovej frakcie, ktorá sa aj naďalej usilovala o povznesenie. V snahe dosiahnuť tento stav sa vzdali svojich fyzických tiel a žili ako forma energie v sub-priestore.

Medzitým Elizabeth zistí, že v meste sa nachádza prístroj na zostrojenie replikátorského tela a bez vedomia ostatných začne s jeho stavbou. Následne prenesie svoje vedomie do tohto nového tela, čím opúšťa počítačové systémy mesta.

Richard Woosley a John Sheppard si stále nie sú istý, či osoba vydávajúca sa za Elizabeth Weirovú je skutočne ona. Chcú zničiť jej replikátorske telo a premiestniť ju do virtuálnej reality. Do mesta však medzitým prichádzajú ďalší replikátori vo forme energie. Rovnako ako Elizabeth sa snažia pre seba zostrojiť fyzické telá. To však už nie je naďalej možné, pretože Rodney vybral z dotyčného zariadenia jeho ovládací kryštál. Do vyjednávania sa zapojí aj Elizabeth, ktorá prichádza s konečným návrhom. Majú im dočasne umožniť vrátiť sa do replikátorskych tiel, následne si pre seba vyrobia telá z mäsa a kostí. Ich pôvodné telá potom môžu byť zničené a nebudú tak pre mesto predstavovať riziko.

Jeden zo skupiny prelomí bezpečnostné opatrenia a snaží sa dostať z mesta. Po niekoľkých neúspešných pokusoch ho eliminuje až samotná Elizabeth. Pre bezpečnosť mesta je si vedomá faktu, že musí zneškodniť samú seba ako aj ostatných replikátorov. Naďalej už nedokáže niesť zodpovednosť za ich skutky. Otvára teda bránu a prechádza na druhú stranu, ostaní ju samozrejme nasledujú. Táto brána sa však nachádza na orbite planéty, splnila tak svoj sľub, ktorý dala Woolseymu a Sheppardovi. Zneškodnila ako seba, tak aj ostatných.