Rodney spolu s Radkom riešia problém s bránou. Už niekoľko dní sa im nepodarilo vytočiť žiadnu adresu. Zrazu počuť v Atlantíde menšie otrasy a senzory hlásia kolíziu. Do mesta padla neidentifikovateľná sonda. Rodney podrobuje získané informácie analýze a zisťuje, že sonda pochádza od replikátorov. Diagnostický program však padne a prídu o všetky údaje. Rodney má podozrenie, že Zelenka úmyselne spôsobil stratu údajov.

Pri tréningu medzi Johnom a Rononom dôjde k zraneniu. Sheppard potrebuje štichy, a preto odchádza na ošetrovňu. Po príchode mu však Kellerová odkazuje, že žiadne zranenie nemá. Krv, ktorú má na čele je pravdepodobne Rononova. Myslí si, že je infikovaný nanitmi a žiada o celkové vyšetrenie. Výsledky sú jednoznačné - je perfektne zdravý.

John začína mať taktiež určité podozrenie. Všetci sa v meste správajú veľmi podivne a nevie si to ničím vysvetliť. Rodney prichádza do svojho laboratória, kde ho čakajú už všetci členovia SGA tímu, John, Ronon a dokonca aj Teyla. Ronon mu chytí ruku a John mu nožíkom urobí menšie zranenie. Po pár sekundách však rana mizne a po jazve žiadna stopa. Teyla ho ubezpečuje, že všetci prítomní prešli rovnakým testom a nevedia, čo si o tom všetkom majú vlastne myslieť. Výsledky Johnových testov zmizli z počítača a rozhodnú sa uskutočniť vlastné. McKay naviguje Johna a Teylu na ošetrovňu, tak aby o tom nikto nevedel. Popritom zisťujú, že na Atlantíde sú len 4 známky života a sú nimi práve oni.

Rodney neskôr zachytáva ďalšiu známku života. Spolu s Rononom sa ju vydávajú hľadať. Je ňou Elizabeth, ktorá bola držaná v akomsi vedeckom labáku. V tom momente prichádza Kellerová a odhalí im celú pravdu. Tím podplukovníka Shepparda vôbec nie sú ľudia, ale duplikáty vyrobené nanitmi avšak z mäsa a kostí. Sú dokonalé kópie so spomienkami a skúsenosťami - dokonca aj Elizabeth. Replikátory im prezradia, že pravá Elizabeth zahynula pred pár mesiacmi.

Tamojší replikátory patria k frakcii, ktorá sa snaží dosiahnuť povznesenie. A práve tieto kópie im k tomu mali dopomôcť. Oberothove jednotky ich však našli a sú pripravené k útoku. Doktorka Kellerová, teda vlastne replikátor, ktorý sa za ňu vydával, im dopomôže k úteku. Poskytne im zariadenie, ktorým môžu sledovať všetky lode triedy Auróra. Berú si jumper a utekajú preč...

Po menšom premýšľaní sa rozhodnú skontaktovať s pravým SGA tímom. Elizabeth dohodne stretnutie na neutrálnej pôde a vysvetlí im celú situáciu. Prezradí im, že sú len kópie, ktoré študovali replikátory. Poskytnú im asuranské zariadenie na sledovanie krížnikov a diskutujú o svojej možnej budúcnosti na Atlantíde. V tom sa nad ich hlavami objaví asuranské plavidlo... Niet času nazvyš, musia rýchlo konať. Repli-SGA tím sa ponúkne, že odlákajú pozornosť, zatiaľ čo originálny tím sa môže dostať k bráne. Ich jumper je však zostrelený a nikto nevie ako sú na tom... Misiu však splnili, skutočný tím sa dostal bezpečne domov. McKay sa snaží rozbehať stopovacie zariadenie, výsledky sú však veľmi znepokojujúce. Počty asuranských lodí predčili všetky očakávania.